พันธุวิศวกรรมก็ดี วิศวกรรมเอนไซม์ และวิศวกรรมระดับโมเลกุลก็ดีล้วนเป็น "วิศวกรรม" ในระดับเล็กมาก กล่าวคือ ใช้พื้นฐานความรู้ในระดับโมเลกุล เพื่อนำสิ่งมีชีวิต และส่วนประกอบของมันไปใช้ประโยชน์ เทคโนโลยีชีวภาพสมัยใหม่ขึ้นอยู่กับ "วิศวกรรม" เหล่านี้มากขึ้นเรื่อย ๆ แต่เทคโนโลยีชีวภาพยังมีส่วนประกอบสำคัญอีกอย่างหนึ่ง ซึ่งมีการพัฒนามานานแล้ว และยังพัฒนาต่อไปอยู่เรื่อย ๆ นั่นคือ วิศวกรรมกระบวนการ หรือความรู้เกี่ยวกับเทคนิค และหลักการของการผลิตในระดับอุตสาหกรรมตามปกติ เพื่อพัฒนาเทคโนโลยีขึ้นมา เช่น เทคโนโลยีการหมัก เริ่มแรกจะต้องทดลองในระดับเล็ก หรือระดับห้องปฏิบัติการก่อน ต่อมาจึงพัฒนาให้มีระดับการผลิตที่ใหญ่ขึ้น เป็นการผลิตในระดับโรงงานต้นแบบ ซึ่งเมื่อระดับการผลิตแต่ละระดับนั้นมีปัญหาต่าง ๆ ในกระบวนการที่จะต้องแก้ไขปรับปรุงมากมาย เช่น ปัญหาในการไม่ให้มีเชื้อปนเปื้อนเข้าไปในระบบการผลิต ปัญหาการกวนน้ำเลี้ยงและเชื้อให้เข้ากันอย่างมีประสิทธิภาพ ปัญหาการควบคุมอุณหภูมิ และสภาวะต่าง ๆ ของถังหมัก เป็นต้น ปัญหาเหล่านี้ต้องแก้โดยการใช้ความรู้ด้านวิศวกรรมกระบวนการ จึงจะสามารถขยายระดับการผลิตสู่ระดับอุตสาหกรรมในที่สุดได้